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用gaussian 将蛋白质拉伸

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论坛元老

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发表于 2024-4-10 20:30:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
http://sobereva.com/594

我试了一下,好用。
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论坛元老

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 楼主| 发表于 2024-5-17 08:55:27 | 显示全部楼层
另一个思路,通过序列,生成一根蛋白质。其中,二面角,全部设置为180.就是直线了。
需要安装biopython


  1. rom PeptideBuilder import Geometry
  2. import PeptideBuilder
  3. import Bio.PDB


  4. geo = Geometry.geometry("M")
  5. structure = PeptideBuilder.initialize_res(geo)

  6. for aa in "GIIAGIIKVIKSLIEQFTGK":
  7.         geo = Geometry.geometry(aa)
  8.         geo.phi=180
  9.         geo.psi_im1=180
  10.         PeptideBuilder.add_residue(structure, geo)


  11. out = Bio.PDB.PDBIO()
  12. out.set_structure(structure)
  13. out.save("aPSM1_lin.pdb")
复制代码


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 楼主| 发表于 2024-5-17 10:41:10 | 显示全部楼层

一个思路,就是根据序列生成结构http://sobereva.com/687


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