豆粑粑 pymol，ray之后，透明设置消失 Transparent cartoon disapearing with ray

meatball1982

ray 一个pse

无论如何设置，
set transparency=0.95

ray 1000
之后，所有透明的设置就没有了。
找了半天。


根据这个帖子。
https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/10942515/

Setting->Transparency->Multi-layer

再ray 一下，
png a.png, dpi=300

meatball1982

有两个pdb,
分别是
3jb9-AA.pdb
3jb9-NA.pdb

设置cartoon的透明值。
其中，3jb9-AA是选择的一部分。

set cartoon_transparency, 0.8, 3jb9-AA

设置另外一个选择的部分，3jb9-NA，透明的程度不同。
set cartoon_transparency, 0.95, 3jb9-NA

ray 1000, 1000

png fig_output.png, dpi=300

同样的方式，应该，注意是应该可以设置其它的形状的透明。


本来应该是背景透明。