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豆粑粑 matlab 图形表达相互作用, H bond

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发表于 2020-1-10 11:37:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 meatball1982 于 2020-1-10 11:41 编辑

帮忙同事画个图,结果不小心画上瘾了。一点点的修改,整整画了三天,才基本让自己满意。

一个是蛋白质,一个是核酸。要表达蛋白质中的氨基酸中的原子    和  核酸 中的ACGU中的原子之间形成H 键的概率(也可以是相互作用能,相互ele,相互vdw,总之就是相互的东西,都能搞)

因为蛋白质中氨基酸比较多,其中可能有用的原子也不少,但真正出现HBond的却不多。所以把所有的可能以2D矩阵的形式表达出来,而有值的点,通过圆的半径,color和透明度同时表达。

其中,关键的原子,用不同的color有标注,对就着线指向坐标。

具体的,运行
work_plot_HB.m


fig_HB_lan.png
part.png

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 楼主| 发表于 2020-1-14 13:14:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 meatball1982 于 2020-1-14 13:19 编辑

更新一下,为了使key的位置更加的明显,我通过text 的形式,将key部分的字体进行了放大。
用到了一个对key位置的重新排序方法。具体,运行
work_bat_plot.m

fig_4_post.png
fig_4_post_part.png

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