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豆粑粑 vmd对齐两个分子

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发表于 2018-5-18 19:30:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 meatball1982 于 2018-5-18 20:58 编辑

有两个。一个pdb,一个xyz,拥有的原子个数不一样。但pdb的1-2867和xyz的2867是同类型的原子。
ref.pdb 2867+14
mod.xyz 2867+28000
我们现在想作的工作,是将xyz 的所有原子进行平衡和放置,依据的是xyz的1-2867和pdb的1-2867对齐。
采用的是vmd中的RMSD Calculator(不是RMSD Trajectory Tool)
pdb 为ref.pdb
xyz为mod.xyz
01.png
  1. mvd -m mod.xyz ref.pdb
复制代码

选择mod.xyz
02.png
将两个分子都load到vmd当中,
Extensions -> Analysis -> RMSD Calculator
03.png
04.png
左上角输入
index < 2867

右上角输入
selected

然后
align

05.png
这时,mod.xyz已经被对齐了

06.png
在File-> Save Coordinate

save data from: mod.xyz
select atoms: all


我参考的,是这个帖子。http://www.calgorithms.com/blog/ ... -structures-in-vmd/
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