豆粑粑 guassian gjf2pdb

meatball1982

Recently, have to convert gjf into pdb file.



Two ways,
01
newzmat.

02
gjf 2 xyz.
xyz 2pdb

A toy example.
wat.gjf

1. % nproc=8
   
2. % mem= 12GB
   
3. 
   
4. # mp2/6-31+G*
   
5. 
   
6. wat
   
7. 
   
8. 0,1
   
9. O                  -0.00000   0.00000   6.84784
   
10. H                  -0.78400   0.00000   6.29384
    
11. H                   0.78400   0.00000   6.29384
    
12. 
    

复制代码

01. newzmat

1. newzmat -icart wat.gjf -opdb wat.pdb

复制代码

gaussian version should be higher than g09.D01

02.
a script convert gjf to xyz


We got a xyz file

1. ./sh_gjf2xyz.sh wat.gjf

复制代码

1. 3
   
2. 0,1
   
3. O                  -0.00000   0.00000   6.84784
   
4. H                  -0.78400   0.00000   6.29384
   
5. H                   0.78400   0.00000   6.29384
   

复制代码

Then, with babel

1. babel -ixyz wat.xyz  -opdb wat.pdb

复制代码

a pdb file

1. COMPND    0,1
   
2. AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.4.1
   
3. HETATM    1  O   HOH     1       0.000   0.000   6.848  1.00  0.00           O  
   
4. HETATM    2  H   HOH     0      -0.784   0.000   6.294  1.00  0.00           H  
   
5. HETATM    3  H   HOH     0       0.784   0.000   6.294  1.00  0.00           H  
   
6. CONECT    1    2    3                                                
   
7. CONECT    2    1                                                      
   
8. CONECT    3    1                                                      
   
9. MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0    3    0    3    0
   
10. END
    

复制代码

If you got problem about the script, please feel free to contact me
meatball1982
meatball1982@163.com