Mathematica中文论坛-非官方

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

搜索
热搜: 活动 交友 discuz
查看: 438|回复: 0

豆粑粑 guassian gjf2pdb

[复制链接]

369

主题

391

帖子

1856

积分

金牌会员

Rank: 6Rank: 6

积分
1856
发表于 2018-5-2 15:55:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 meatball1982 于 2018-5-2 16:11 编辑

Recently, have to convert gjf into pdb file.



Two ways,
01
newzmat.

02
gjf 2 xyz.
xyz 2pdb

A toy example.
wat.gjf

  1. % nproc=8
  2. % mem= 12GB

  3. # mp2/6-31+G*

  4. wat

  5. 0,1
  6. O                  -0.00000   0.00000   6.84784
  7. H                  -0.78400   0.00000   6.29384
  8. H                   0.78400   0.00000   6.29384

复制代码


01. newzmat
  1. newzmat -icart wat.gjf -opdb wat.pdb
复制代码
gaussian version should be higher than g09.D01

02.
a script convert gjf to xyz Screenshot from 2018-05-02 16-01-48.png


We got a xyz file

  1. ./sh_gjf2xyz.sh wat.gjf
复制代码
  1. 3
  2. 0,1
  3. O                  -0.00000   0.00000   6.84784
  4. H                  -0.78400   0.00000   6.29384
  5. H                   0.78400   0.00000   6.29384
复制代码


Then, with babel

  1. babel -ixyz wat.xyz  -opdb wat.pdb
复制代码


a pdb file

  1. COMPND    0,1
  2. AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.4.1
  3. HETATM    1  O   HOH     1       0.000   0.000   6.848  1.00  0.00           O  
  4. HETATM    2  H   HOH     0      -0.784   0.000   6.294  1.00  0.00           H  
  5. HETATM    3  H   HOH     0       0.784   0.000   6.294  1.00  0.00           H  
  6. CONECT    1    2    3                                                
  7. CONECT    2    1                                                      
  8. CONECT    3    1                                                      
  9. MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0    3    0    3    0
  10. END
复制代码

If you got problem about the script, please feel free to contact me
meatball1982
meatball1982@163.com






wat.gjf.gz

115 Bytes, 下载次数: 0

sh_gjf2xyz.sh.gz

429 Bytes, 下载次数: 0

sh_gjf2xyz.sh.gz

429 Bytes, 下载次数: 0

回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|Archiver|手机版|小黑屋|Mathematica中文论坛-非官方 ( 辽ICP备16001491

GMT+8, 2018-11-13 01:49 , Processed in 0.123563 second(s), 29 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表