ubuntu install Deep Tensor Neural Networks

meatball1982

看NC的一个文儿。觉得蛮好的(老板觉得蛮好的)
K.T. Schütt. F. Arbabzadah. S. Chmiela, K.-R. Müller, A. Tkatchenko.
Quantum-chemical insights from deep tensor neural networks.
Nature Communications 8. 13890 (2017)
doi: 10.1038/ncomms13890


重复他的工作。
具体干什么的，还得一点点的看。
把环境build起来先。因为作者把它的工作都给你了。剩下的，就是重新来一下。
具体的，在

https://github.com/atomistic-machine-learning/dtnn



要求：
Requirements:

• python 3.4
• ASE
• numpy
• tensorflow (>=1.0)
  

你Ｍ，除了numpy（实际上我的是python2.7下的，在python3.4下的，我也是不满足)，其它的都不满足。

整！！！！
花了我整整三天的时间，从一点点的安装，到重新安装，再安装，安装，安装。。。。。。
我操。


因为自己的机器有cuda7.5 和cuda-9.0
要求的是cuda8.0 ,
sudo ln -s /usr/local/cuda-9.0/lib64/libcublas.0.9.0 /usr/local/cuda-9.0/lib64/libcublas.0.8.0

没少用（特别是在import tensorflow as tf）的时候，它告诉你，少libcublas.0.8.0,你就在0.9.0那里放一个link。
我的机器是python2.7

安装pip3先。
sudo atp-get install pip3

告诉你要安装一个我也记不起来的
好像是　python3-pip之类的。这个得sudo

然后是
pip3 install ase
这个花的时间挺长，但会把numpy也给安装了。
GPU:
pip3 install tensorflow-gpu
注意，要是用GPU跑，就用这个。


CPU
pip3 install tensorflow-cpu

会安装一堆东西，和　tensorflow官网让你安装的差不多(这个先题是你的cuda,cudnn都安装完了)
然后
python3
进来后
import tensorflow as tf
tf.__version__
注意，是两个_
我的tf是1.4
我的python3是3.5

在跑例子的时候，work_train.py就是rain_dtnn_gdb9.py

CUDA_VISIBLE_DEVICES="0,1" python3 work_train.py ../dtnn/datasets/ ../out_res/

要在import dtnn前加
import sys
sys.path.append('/the path where u put you dtnn/dtnn-master/')
import dtnn

CUDA_VISIBLE_DEVICES是指定你用哪个GPU,实验室华丽的K80,我和DL一人一半。

而我的w530,16G内存，２Ｇ显存，是跑不起来的。

当看到在训练的时候，ＴＭ差点哭出来。
记录下来，有问题问meatball1982@163.com

meatball1982

如果不行，可以全程使用conda 进行安装 。
conda install cudatoolkit
conda install cudnn
(安装特定版本的toolkit)conda install cudatoolkit==10.0.0
conda install tensorflow-gpu
conda install -c conda-forge ase

conda真是好啊。