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豆粑粑 NAMD 安装 CUDA版本

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发表于 2016-7-19 20:58:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
要用namd跑一个乱七八糟的东西。觉得有点慢,于是放着已经编译好的版本不用,非要自己整一个GPU版本的,折腾了整整一个晚上,CPU版本的好用,GPU的就是不行。
于是,第二天求助XP.又是一晚上,还好,似乎是搞定了,记录一下。

cuda 6.5
gpu是 2075
驱动是361.**

在namd的安装的source文件当中,那个notes.txt 已经说的很清楚了(但我还是没一次成功)

注意:整个过程都是在CPU的节点上进行的。
解压,注意,文档中是xzf,我这是xf,
  1. tar xf NAMD_2.11_Source.tar.gz
  2. cd NAMD_2.11_Source
  3. tar xf charm-6.7.1.tar
复制代码


整个charm++
这个

  1.    cd charm-6.7.1
  2. ./build charm++ multicore-linux64 --with-production
  3. cd multicore-linux64/tests/charm++/megatest
  4. make pgm
  5. ./pgm +p4
  6. cd ../../../../..
复制代码


安装一些看似没用的库之类的东西

  1.    wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-x86_64.tar.gz
  2. tar xf fftw-linux-x86_64.tar.gz
  3. mv linux-x86_64 fftw
  4. wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
  5. wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
  6. tar xf tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
  7. tar xf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
  8. mv tcl8.5.9-linux-x86_64 tcl
  9. mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threaded
复制代码
注意,文档中的tar xzf我都变成tar xf

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
这一部分不太好下载,可以自己在网页中下载再上传到服务器上。


然后是整cuda,
  1. ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64 --with-cuda --cuda-prefix /opt/cuda-6.5
复制代码

就是这一步。--with-cuda不一定可行,因为你的cuda安装在哪,linux有可能根本就不知道。于是加上后面的
--cuda-prefix ,指定 cuda的安装目录。


  1.    cd Linux-x86_64-g++
  2.   make
复制代码
然后,就是漫长的等待。

如果没报错,谢天谢地啊。

  1.    ./namd2
  2. ./namd2 +p4 +devices 0 src/alanin
复制代码


就可以测试好用不好用了。注意,这一步,是要在gpu节点上实现的。
别,
src/alanin
中的迭代次数太少了,只有9,我把它修改成了90000,让它一直在跑,然后 ,通过 
nvidia-smi
来看gpu是否使用以及使用的情况。

对了,安装过后,要把路径放在
~/.bashrc
  1. export NAMD_HOME=/home/zhubajie/software/NAMD_CVS-2016-06-06_Source/Linux-x86_64-g++

  2. export PATH="${NAMD_HOME}:$PATH"
复制代码

当中,source ~/.bashrc
一下,妥妥的。


注意,当编译过程当中,有关于.h的问题,很可能是指定的位置不对,或是版本的问题(我就是死在这里的。),因为*.h大家基本都有。
如果是库的问题,那就是指定的位置不对了。


最后,感谢XP一整晚的时间,虽然花掉了我6个冰激凌。







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 楼主| 发表于 2018-12-27 19:57:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 meatball1982 于 2018-12-27 20:58 编辑

进到Linux-x86_64_g++

修改配置文件,加入CHARM的绝对路径
vi Make.config
在里面找到:

CHARM = $(CHARMBASE)/$(CHARMARCH)
把=后面的部分改成绝对路径,如
/home/xxxxxxxxxxxxxxxx/NAMD_Git-2018-08-23_Source/charm-6.8.2

sudo apt-get install  sfftw-dev sfftw2 fftw3 fftw3-dev
不用之前的fftw安装方式。
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 楼主| 发表于 2018-12-28 09:17:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 meatball1982 于 2018-12-28 09:51 编辑

NM,一整天,终于,finally,把cuda版本的namd2安装完了,
nvidia的driver,一定要用sudo apt-get install 安装最新的那个,要不cuda会报错说runtime 和driver不一致。
另外,他会自动的生成一个对应的kernal,要不,重启之后就黑屏。
虽然,apt-get 安装有点慢。

如果非要自己安装,
telinit 3
是进入到没有X的界面。ubuntu 18.10
之前都是
sudo service lightdm stop


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