豆粑粑 vmd对齐两个分子

meatball1982

有两个。一个pdb,一个xyz，拥有的原子个数不一样。但pdb的1-2867和xyz的2867是同类型的原子。
ref.pdb 2867+14
mod.xyz 2867+28000
我们现在想作的工作，是将xyz 的所有原子进行平衡和放置，依据的是xyz的1-2867和pdb的1-2867对齐。
采用的是vmd中的RMSD　Calculator(不是RMSD Trajectory Tool)
pdb 为ref.pdb
xyz为mod.xyz

1. mvd -m mod.xyz ref.pdb

复制代码

选择mod.xyz

将两个分子都load到vmd当中，
Extensions -> Analysis -> RMSD Calculator


左上角输入
index < 2867

右上角输入
selected

然后
align


这时，mod.xyz已经被对齐了


在File-> Save Coordinate

save data from: mod.xyz
select atoms: all


我参考的，是这个帖子。http://www.calgorithms.com/blog/ ... -structures-in-vmd/