豆粑粑 matlab plot energy profile line

meatball1982

其实，画能量的拆线，方法很多。

rigin
http://sobereva.com/320

其它工具
http://bbs.keinsci.com/thread-9256-1-1.html


python
https://github.com/giacomomarchioro/PyEnergyDiagrams

效果都不错，只是这种线，不用matlab画一下，总感觉不舒服。

其实，具体的，就是分一小段线，一些字，分开画 。
通过设置字体的位置大小来进行标注。

1. clear all
   
2. clc
   
3. clf
   
4. 
   
5. 
   
6. %% outline
   
7. % plot the energy profile 4 CHY, who plots the  eng profile manully.
   
8. %
   
9. 
   
10. x  = [ 1 2 3 4 5 ];
    
11. y1 = [0  9.34 -15.06 -4.08 -15.7];
    
12. y2 = [0 16.23 -5.49 11.59  -2.72];
    
13. 
    
14. t2 ={'R''','TS1''','I1''','TS2''','P'''};
    
15. t1 ={'R','TS1','I1','TS2','P'};
    
16. 
    
17. 
    
18. 
    
19. col ='r';
    
20. flg_ud='up';
    
21. hold on
    
22. [h1]=fun_mm_plot_eng_prof(x,y1,t1,'k','dn')
    
23. 
    
24. 
    
25. flg_ud='dn';
    
26. [h1]=fun_mm_plot_eng_prof(x,y2,t2,'r','up')
    
27. axis equal
    
28. set(gca,'fontsize',20,'xtick',[],'ytick',[-20:10:20],'linewidth',2)
    
29. axis([5 55 -25 25])
    
30. 
    
31. 
    
32. ylabel('Free energy (Kcal/mol)')
    
33. xlabel('Reaction coordinate')
    
34. 
    
35. h=gcf;
    
36. fig_na = '../file_imgs/fig_eng_pro';
    
37. %fun_work_li_035_myfig_out(h,fig_na,3);
    
38. 
    
39. 
    
40. 
    
41. %% logs
    
42. % mod : 2020年 6月 8日 星期一 13时10分15秒 CST
    

复制代码

fun_mm_plot_eng_prof.m

1. function [h]=fun_mm_plot_eng_prof(x,y1,t1,col,flg_ud)
   
2. 
   
3. 
   
4. n_p = length(y1);
   
5. x_thr= 2.6;
   
6. 
   
7. for i = 1:n_p
   
8.     plot([x(i)*10-x_thr, x(i)*10+x_thr],[y1(i), y1(i)],'-','linewidth',6,'color',col)
   
9. end
   
10. 
    
11. for i = 1:(n_p-1);
    
12.     plot([x(i)*10+x_thr x(i+1)*10-x_thr],[y1(i) y1(i+1)],':','linewidth',2,'color',col)
    
13. end
    
14. 
    
15. 
    
16. for i = 1:n_p
    
17.         if y1(i) > 0
    
18.             mm_str{i} = {t1{i};['+',num2str(y1(i),'%6.2f')]};
    
19.         elseif y1(i)<0
    
20.             mm_str{i} = {t1{i};[num2str(y1(i),'%6.2f')]};
    
21.         else
    
22.             mm_str{i} = {t1{i};num2str(y1(i))};
    
23.         end
    
24. end
    
25. 
    
26. if flg_ud=='up'
    
27.     for i = 1:n_p
    
28.         text(x(i)*10-x_thr+0.2,y1(i)+3,mm_str{i},'color',col,'fontsize',14)
    
29.     end
    
30. else
    
31.     for i = 1:n_p
    
32.         text(x(i)*10-x_thr+0.2,y1(i)-3,mm_str{i},'color',col,'fontsize',14)
    
33.     end
    
34. end
    
35. 
    
36. h=gcf;

复制代码

meatball1982

python版本的，我控制不好，不过效果也 还不错。

1. unzip PyEnergyDiagrams-master.zip
   
2. cd PyEnergyDiagrams-master
   
3. python setup.py install

复制代码

或是

1. pip install git+https://github.com/giacomomarchioro/PyEnergyDiagrams

复制代码

1. import sys
   
2. from energydiagram import ED
   
3. import matplotlib.pyplot as plt
   
4. 
   
5. 
   
6. diagram = ED()
   
7. 
   
8. diagram.add_level(0,'R(R\')')          #. 0
   
9. #diagram.add_level(0.2,'R\'','last',color='r')          #. 0
   
10. diagram.add_level(+9.34,'TS1')    #. 1
    
11. diagram.add_level(+16.23,'TS1\'','last',color='r') #. 5
    
12. diagram.add_level(-15.06,'I1')    #. 2
    
13. diagram.add_level(-5.49,'I1\'','last',color='r')    #. 6
    
14. diagram.add_level(-4.08,'IS2')    #. 3
    
15. diagram.add_level(+11.59,'IS2\'','last',color='r')    #. 7
    
16. diagram.add_level(-15.70,'P')     #. 4
    
17. diagram.add_level(-2.72,'P\'','last',color='r')     #. 8
    
18. 
    
19. 
    
20. diagram.add_link(0,1)
    
21. diagram.add_link(0,2,color='r')
    
22. diagram.add_link(1,3)
    
23. diagram.add_link(2,4,color='r')
    
24. 
    
25. diagram.add_link(3,5)
    
26. diagram.add_link(4,6,color='r')
    
27. diagram.add_link(5,7)
    
28. diagram.add_link(6,8,color='r')
    
29. 
    
30. diagram.plot(ylabel="Free energy ($Kcal$ $mol^{-1}$)")

复制代码