豆粑粑 ubuntu 18.04 install "snap-higher-order"

meatball1982

install "snap-higher-order" on ubuntu 18.04


https://www.twblogs.net/a/5b8b1af32b717718832d534d



make all

then

nvalid use of incomplete type ‘struct __exception’


add the following to

snap-higher-order/glib-core/bd.cpp
there is still lots of warning, but it works.
according to :

1. https://github.com/snap-stanford/snap/issues/146

复制代码

and

1. https://github.com/rkrohn/redditmodel/commit/d1cedbc3471fc2901d4239b30317d0b458b2ae99

复制代码

12 #elif defined(GLib_GLIBC) || defined(GLib_BSD)
13 struct __exception {
14         int    type;      /* Exception type */
15     char*  name;      /* Name of function causing exception */
16     double arg1;      /* 1st argument to function */
17     double arg2;      /* 2nd argument to function */
18     double retval;    /* Function return value */
19 };
20
21 int _matherr(struct __exception* e){

meatball1982

make arpack
modify the ARmake.inc

https://www.linuxquestions.org/q ... n-libraries-440794/


MAKE=/usr/bin/make
FFLAGS        = -O

我的ARmake.inc放上来了。自己参考修改。
别，生成的libarpack_linux.a
sudo cp libarpack_linux.a /usr/lib

meatball1982

真是一个大坑，
在虚拟机上。

1. g++ -std=c++98 -Wall -O3 -DNDEBUG -fopenmp -DF77_POST -o motifclustermain motifclustermain.cpp ../../snap-adv/motifcluster.cpp ../../snap-core/Snap.o -I../../snap-core -I../../snap-adv -I../../glib-core -I../../snap-exp  -larpack -lrt /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/libgfortran.a

复制代码

加了最后这一句。
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/libgfortran.a
否则会一堆gfortran不认谁谁谁谁谁谁谁的错。
“undefined reference to '_gfortran_st_write'




在自己的机器上。

1. g++ -std=c++98 -Wall -O3 -DNDEBUG -fopenmp -DF77_POST -o motifclustermain motifclustermain.cpp ../../snap-adv/motifcluster.cpp ../../snap-core/Snap.o -I../../snap-core -I../../snap-adv -I../../glib-core -I../../snap-exp  -larpack -lrt /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8.5/libgfortran.so

复制代码

最后加的是
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8.5/libgfortran.so
否则会出现。
can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIC
一类的错误。
应该是两个机器的gcc不太一样的原因。.so .a的区别，我暂时不知道。可能还得看看c++的书。应该一个动态的，一个是静态的，根据自己的机器，尝试一下。
另外，ARpack里的UTIL下的second.f

1. *     .. External Functions ..
   
2.       REAL               ETIME
   
3. <font color="#ff0000">*      EXTERNAL           ETIME</font>
   
4. *     ..
   
5. *     .. Executable Statements ..
   
6. *
   
7. 
   
8. <font color="#ff0000">*      T1 = ETIME( TARRAY )</font>
   
9.       T  = TARRAY( 1 )
   
10. 
    
11.       RETURN
    

复制代码

我也给注释了一下。根说，这个函数总出错，大体看了一下，应该是个计时用的。对程序的结果影响不大。

meatball1982

home 的x220是

1. g++ -std=c++98 -Wall -O3 -DND
   
2. EBUG -fopenmp -DF77_POST -o motifclustermain motifclustermain.cpp ../../snap-adv/motifcluster.cpp ../../snap-core/Snap.o -I../../snap-core -I../../snap-adv -I../../glib-core -I../../snap-exp  -larpack -lrt /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5.4.0/libgfortran.so

复制代码

meatball1982

meatball1982 发表于 2019-4-7 09:12
make arpack
modify the ARmake.inc

1. sudo cp /usr/lib/libarpack_linux.a /usr/lib/libarpack.a

复制代码