相互距离矩阵 python AttributeError: 'module' object has no attribute 'spat...

meatball1982

import scipyimport scipy.spatial
尝试着用python来求解相互距离矩阵.
查了一下scipy.spatial才是需要import的.否则是AttributeError: 'module' object has no attribute 'spatial'的错误.
其中,aa1_pos.txt 是一个Ｎ*３的矩阵.
也扔上去.py_dis_matrix.py

1. import numpy as np
   
2. import os
   
3. import scipy.spatial as sps
   
4. #import scipy as sps # wrong
   
5. 
   
6. X=np.loadtxt('aa1_pos.txt')
   
7. 
   
8. #print X
   
9. 
   
10. Y=sps.distance.squareform(sps.distance.pdist(X,metric='euclidean'));
    
11. #Y=sps.spatial.distance.squareform(sps.distance.pdist(X,metric='euclidean')); # wrong
    
12. 
    
13. #print Y
    
14. 
    
15. np.savetxt('./aa1_dis.txt',Y, '%8.3f',delimiter=' ',newline='\n')
    

复制代码

aa1_pos.txt

1.    14.130     18.330     13.750
   
2.     14.960     18.090     13.180
   
3.     13.330     18.580     13.130
   
4.     14.360     19.130     14.370
   
5.     13.740     17.180     14.610
   
6.     13.350     16.380     13.980
   
7.     14.960     16.720     15.450
   
8.     15.200     17.520     16.190
   
9.     14.640     15.830     16.050
   
10.     16.220     16.360     14.730
    
11.     17.360     17.110     14.680
    
12.     17.450     18.100     15.120
    
13.     18.360     16.410     14.020
    
14.     19.310     16.590     14.080
    
15.     17.850     15.210     13.620
    
16.     16.510     15.140     14.050
    
17.     15.760     14.010     13.790
    
18.     14.750     13.940     14.160
    
19.     16.370     12.930     13.160
    
20.     15.810     12.000     13.060
    
21.     18.460     14.160     12.950
    
22.     19.490     14.210     12.660
    
23.     17.700     13.000     12.740
    

复制代码