namd tutorial basics ERROR

meatball1982

too many arguments specified
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.

在重复namd的最开始的tutorial时的错误.

在生成psf时,报这个错误.
注意,我是将pdf中的ubq.pgn的内容直接copy过来的.这就有一个问题.

1. package require psfgen
   
2. topology top all27 prot lipid.inp
   
3. pdbalias residue HIS HSE
   
4. pdbalias atom ILE CD1 CD
   
5. segment U {pdb ubqp.pdb}
   
6. coordpdb ubqp.pdb U
   
7. guesscoord
   
8. writepdb ubq.pdb
   
9. writepsf ubq.psf
   

复制代码

注意,这一句
topology top all27 prot lipid.inp

inp文件是没有"_"的,就报了上面的错误.大意了,以为直接copy会没有错.下次,还是直接打吧.

别外,在找错误的时候,发现.
inp
rtf
提供的是相同的信息.