豆粑粑 VMD提取轨迹的特定帧

meatball1982

我有一条轨迹，
我想提取其中的某一帧。

通过VMD实现。
之前都是gromacs整。后来发现　vmd 也行，也不用生成　top之类。直接提取就行。

其中，2就是要提的第3帧(从0开始)。
traj_align.pdb是轨迹文件。
cen0.pdb 是输出文件。

tcl_draw_cen.tcl

1. #!/usr/local/bin/vmd
   
2. # VMD script written by save_state $Revision: 1.48 $
   
3. # VMD version: 1.9.4a12
   
4. mol new ./traj_align.pdb type pdb first 0 last -1 step 1 filebonds 1 autobonds 1 waitfor all
   
5. animate write pdb {./cen0.pdb} beg 2 end 2 skip 1 0
   
6. q

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是用vmd 提交，无界面

1. vmd -dispdev text -e tcl_draw_cen.tcl

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如果多次提取，可以通过sed替换nfr.
tmp.tcl

1. #!/usr/local/bin/vmd
   
2. # VMD script written by save_state $Revision: 1.48 $
   
3. # VMD version: 1.9.4a12
   
4. mol new ./traj_align.pdb type pdb first 0 last -1 step 1 filebonds 1 autobonds 1 waitfor all
   
5. animate write pdb {./cen0.pdb} beg nfr end nfr skip 1 0
   
6. q

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提交修改脚本。

1. num=2
   
2. sed "s/nfr/${num}/g" tmp.tcl > tcl_draw_cen.tcl

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