最近在用openfold,有些坑，记录一下。

meatball1982

RuntimeError: hmmsearch failed在这个帖子里，有我的回复:
只是解决办法的一个选项。可以试试。

Fatal exception (source file esl_buffer.c, line 1608):
且，

166             if retcode:
167                 raise RuntimeError(
168                     "Jackhmmer failed\nstderr:\n%s\n" % stderr.decode("utf-8")
169                 )


Jackhmmer failed




https://github.com/google-deepmind/alphafold/issues/267

meatball1982

新坑，

从安装到test至跑一个预测，跑一个训练，
这一个月，除了办个会，其它啥都没干，还得ding着被老板喷的压力，还好现在至少是能训练了。
改程序，也有了些眉目。每天一小坑，三天一大坑。

想记录一下log。
出错。
需要idx

直接改code.


https://github.com/aqlaboratory/openfold/issues/468

meatball1982

改程序，找数据的输入，输出是RMSD,用一个python包搞定了。
程序的调用关系，本来是想看一整遍程序，一个，一个撸，效率太低。
折腾，一定是需要花时间的。但之后，所有的调用，都可以通过程序实现。这时间，花的值。
想想，经常会因为我觉得重要，别人觉得无关紧要的事，折腾好几天，还乐此不疲。

用graphviz和pycallgraph
几个小坑，
01.　iteritems 变成items 这是python版本的事儿，grep 找到，改一下，能过。
02.　存图的时候，如果conda安装的graphviz 版本对不上，就
sudo apt-get install graphviz
返过来，也一样。

03.　存的图，是png ,太宽。
存成dot文件，自己修改，自己输出。

pycallgraph/output/graphviz.py

18　　　self.output_type='png'
改成
　　　　self.output_type='dot'

103 - 105

            cmd = '{} -T{} -o{}'.format(****)
改成

           cmd = 'cp {} ~/dot_file.dot'.format(temp_name)
这是将输出，写到~/下的dot_file.dot 文件中。
一般就是
/home/yourname/
下

虽然出来的图，还是不太容易看调用关系，但如果能对于简单的体系，应该相当好用。

04.　测试的code

1. # simple_calculation.py
   
2. from pycallgraph import PyCallGraph
   
3. from pycallgraph.output import GraphvizOutput
   
4. 
   
5. def multiply(a, b):
   
6.     return a*b
   
7. 
   
8. def plus(a, b):
   
9.     return a+b
   
10. 
    
11. if __name__ == '__main__':
    
12.     graphviz = GraphvizOutput()
    
13.     graphviz.output_file = 'simple_calculation.png'
    
14.     with PyCallGraph(output=graphviz):
    
15.         a = 10
    
16.         b = 2
    
17.         print ('The value of a*b+b is: {}'.format(plus(multiply(a, b), b)))
    

复制代码

meatball1982

python pip 安装报错 error in setup command: use_2to3 is invalid. 解决方法

用
pip install setuptools==57.5.0

58之后，就没有2to3了。