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豆粑粑 pymol,ray之后,透明设置消失 Transparent cartoon disapearing with ray

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论坛元老

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楼主
发表于 2021-11-17 16:52:48 | 只看该作者 |只看大图 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
ray 一个pse

无论如何设置,
set transparency=0.95

ray 1000
之后,所有透明的设置就没有了。
找了半天。


根据这个帖子。
https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/10942515/

Setting->Transparency->Multi-layer

再ray 一下,
png a.png, dpi=300


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沙发
 楼主| 发表于 2021-12-6 21:03:46 | 只看该作者
有两个pdb,
分别是
3jb9-AA.pdb
3jb9-NA.pdb

设置cartoon的透明值。
其中,3jb9-AA是选择的一部分。

set cartoon_transparency, 0.8, 3jb9-AA

设置另外一个选择的部分,3jb9-NA,透明的程度不同。
set cartoon_transparency, 0.95, 3jb9-NA

ray 1000, 1000

png fig_output.png, dpi=300

同样的方式,应该,注意是应该可以设置其它的形状的透明。


本来应该是背景透明。


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