豆粑粑 Gromacs 2018.4 plumed 2.5 安装 儿子的papa

meatball1982

更新在2L

cmake ..   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mm/softs/gromacs/gromacs-5.0.4 -DGMX_GPU=ON  -DCMAKE_PREFIX_PATH=/home/mm/softs/fft3/fftw-3.3.4/build -DCMAKE_LIBRARY_PATH=/home/mm/softs/fft3/fftw-3.3.4/build/lib -DCMAKE_INCLUDE_PATH=/home/mm/softs/fft/fftw-3.3.4/build/include


在安装完plumed 后，
patch --enable-shared

meatball1982

花了整天的时间，把
plumed multiwalk 的环境给搭起来了。唉，这个好啊。当晚上10点多，运行没错误时，真是相当的舒服的。
赶快记一下。
主要是这个帖子。并在此基础上作了些修改。

https://sajeewasp.com/gromacs-plumed-gpu-linux/

我是plumed 2.5
gromacs 2018.4
nvidia和cuda部分能找到一堆，

plumed
注意，是mpicc,mpicxx，而不是gcc或是....

1. tar -xvzf plumed-2.4.0.tgz
   
2. cd plumed-2.4.0
   
3. sudo ./configure CPPFLAGS=-I/usr/include CC=mpicc CXX=mpicxx
   
4. make -j 4
   
5. sudo make install

复制代码

gromacs

1. tar -xvzf gromacs-5.1.4.tar.gz
   
2. cd gromacs-5.1.4
   
3. plumed patch -p --runtime -e gromacs-5.1.4
   
4. mkdir build
   
5. cd build

复制代码

我修改的是
plumed patch -p --runtime -e gromacs-2018.4

cmake 部分真是让我想kill myself的冲动。

1. CC=mpicc CXX=mpiCC \
   
2. cmake .. -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
   
3.          -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON \
   
4.          -<font color="#ff0000">DGMX_MPI=ON</font> \
   
5.          -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
   
6.          -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
   
7.          -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
   
8.          -DGMX_GPU=on \
   
9.          -DNVML_INCLUDE_DIR=/usr/local/cuda-9.2/include \
   
10.          -DNVML_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvidia-ml.so
    

复制代码

make -j 4
sudo make install


剩下的，就是跑plumed的例子了。

1. mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 2 -s topol -plumed plumed -multi 2 -replex 2000 -pin off

复制代码

又注意:~/.bashrc里得有这玩艺儿,mpirun用的应该是。

1. 57 ### mpi###################################################
   
2. 158 export PATH=/home/mm/softs/mpich-install/bin:$PATH
   
3. 159 export LD_LIBRARY_PATH=/home/mm/softs/mpich-install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
   

复制代码

meatball1982

mpich  的安装
https://blog.csdn.net/qq_39451578/article/details/107938560

meatball1982

plumend 在configure
--prefix=PREFIX
--prefix=/home/mm/softs/plumed
将plumed安装在自定义的目录中，不用sudo或root就行