豆粑粑 gromacs 2018 ubuntu14.04(macOS) cmake 3.4.3

meatball1982

gromacs2018 出了一阵子了。尝试安装一下。
下次直接copy就行了。

cmake比较老，要安装3.4.3ref:
https://www.claudiokuenzler.com/ ... atives#.WlxYGXWWbRY

1. wget http://www.cmake.org/files/v3.4/cmake-3.4.3.tar.gz
   
2. tar -xvzf cmake-3.4.3.tar.gz
   
3. cd cmake-3.4.3/
   
4. ./configure
   
5. make
   
6. sudo make install
   
7. sudo update-alternatives --install /usr/bin/cmake cmake /usr/local/bin/cmake 1 --force
   

复制代码

[size=10.6667px]这看看是不是安装完成了。

1. cmake --version
   

复制代码

[size=10.6667px]然后，是安装gromacs,我的cuda是9.0.基本是默认的路径。
[size=10.6667px]

1. 
   
2. tar xfz gromacs-2018.tar.gz
   
3. cd gromacs-2018
   
4. mkdir build
   
5. cd build
   
6. cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=on
   
7. make
   
8. make check
   
9. sudo make install
   
10. source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
    

复制代码

~/.bashrc里加下面的这一堆。再source ~/.bashrc一下。

1. #### gromacs ########
   
2. GMXHOME=/usr/local/gromacs
   
3. export PATH="${GMXHOME}/bin:$PATH"
   
4. source ${GMXHOME}/bin/GMXRC.bash

复制代码

meatball1982

mac 下，安装过程基本一致。注意的是，
source ~/.bashrc
换成
source ~/.bash_profile

并且， DGMX_GPU一项，不是on了，
因为我的 macbook pro 是A卡。没有cuda.

meatball1982

安装新的cmake

这是安装gcc
https://r1v3rj1s.github.io/2019/ ... rivilege-in-CentOS/