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标题: 最近在用openfold,有些坑,记录一下。 [打印本页]

作者: meatball1982    时间: 2024-10-19 16:59
标题: 最近在用openfold,有些坑,记录一下。
本帖最后由 meatball1982 于 2024-10-19 17:00 编辑

RuntimeError: hmmsearch failed在这个帖子里,有我的回复:
只是解决办法的一个选项。可以试试。

Fatal exception (source file esl_buffer.c, line 1608):
且,

166             if retcode:
167                 raise RuntimeError(
168                     "Jackhmmer failed\nstderr:\n%s\n" % stderr.decode("utf-8")
169                 )


Jackhmmer failed




https://github.com/google-deepmind/alphafold/issues/267



作者: meatball1982    时间: 2024-11-1 09:11
新坑,

从安装到test至跑一个预测,跑一个训练,
这一个月,除了办个会,其它啥都没干,还得ding着被老板喷的压力,还好现在至少是能训练了。
改程序,也有了些眉目。每天一小坑,三天一大坑。

想记录一下log。
出错。
需要idx

直接改code.


https://github.com/aqlaboratory/openfold/issues/468


作者: meatball1982    时间: 2024-11-5 14:51
改程序,找数据的输入,输出是RMSD,用一个python包搞定了。
程序的调用关系,本来是想看一整遍程序,一个,一个撸,效率太低。
折腾,一定是需要花时间的。但之后,所有的调用,都可以通过程序实现。这时间,花的值。
想想,经常会因为我觉得重要,别人觉得无关紧要的事,折腾好几天,还乐此不疲。

用graphviz和pycallgraph
几个小坑,
01. iteritems 变成items 这是python版本的事儿,grep 找到,改一下,能过。
02. 存图的时候,如果conda安装的graphviz 版本对不上,就
sudo apt-get install graphviz
返过来,也一样。

03. 存的图,是png ,太宽。
存成dot文件,自己修改,自己输出。

pycallgraph/output/graphviz.py

18   self.output_type='png'
改成
    self.output_type='dot'

103 - 105

            cmd = '{} -T{} -o{}'.format(****)
改成

           cmd = 'cp {} ~/dot_file.dot'.format(temp_name)
这是将输出,写到~/下的dot_file.dot 文件中。
一般就是
/home/yourname/


虽然出来的图,还是不太容易看调用关系,但如果能对于简单的体系,应该相当好用。

04. 测试的code


  1. # simple_calculation.py
  2. from pycallgraph import PyCallGraph
  3. from pycallgraph.output import GraphvizOutput

  4. def multiply(a, b):
  5.     return a*b

  6. def plus(a, b):
  7.     return a+b

  8. if __name__ == '__main__':
  9.     graphviz = GraphvizOutput()
  10.     graphviz.output_file = 'simple_calculation.png'
  11.     with PyCallGraph(output=graphviz):
  12.         a = 10
  13.         b = 2
  14.         print ('The value of a*b+b is: {}'.format(plus(multiply(a, b), b)))
复制代码








作者: meatball1982    时间: 2024-11-28 17:20
python pip 安装报错 error in setup command: use_2to3 is invalid. 解决方法


pip install setuptools==57.5.0

58之后,就没有2to3了。





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