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标题: 用gaussian 将蛋白质拉伸 [打印本页]

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作者: meatball1982    时间: 2024-4-10 20:30
标题: 用gaussian 将蛋白质拉伸
http://sobereva.com/594

我试了一下，好用。

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作者: meatball1982    时间: 2024-5-17 08:55
另一个思路，通过序列，生成一根蛋白质。其中，二面角，全部设置为180.就是直线了。
需要安装biopython

1. rom PeptideBuilder import Geometry
   
2. import PeptideBuilder
   
3. import Bio.PDB
   
4. 
   
5. 
   
6. geo = Geometry.geometry("M")
   
7. structure = PeptideBuilder.initialize_res(geo)
   
8. 
   
9. for aa in "GIIAGIIKVIKSLIEQFTGK":
   
10.         geo = Geometry.geometry(aa)
    
11.         geo.phi=180
    
12.         geo.psi_im1=180
    
13.         PeptideBuilder.add_residue(structure, geo)
    
14. 
    
15. 
    
16. out = Bio.PDB.PDBIO()
    
17. out.set_structure(structure)
    
18. out.save("aPSM1_lin.pdb")
    

复制代码

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作者: meatball1982    时间: 2024-5-17 10:41

一个思路，就是根据序列生成结构http://sobereva.com/687

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