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标题: 豆粑粑 matlab plot energy profile line [打印本页]
作者: meatball1982    时间: 2020-6-8 13:29
标题: 豆粑粑 matlab plot energy profile line
其实，画能量的拆线，方法很多。

rigin
http://sobereva.com/320

其它工具
http://bbs.keinsci.com/thread-9256-1-1.html


python
https://github.com/giacomomarchioro/PyEnergyDiagrams

效果都不错，只是这种线，不用matlab画一下，总感觉不舒服。

其实，具体的，就是分一小段线，一些字，分开画 。
通过设置字体的位置大小来进行标注。




  1. clear all
  2. clc
  3. clf


  6. %% outline
  7. % plot the energy profile 4 CHY, who plots the  eng profile manully.
  8. %

  10. x  = [ 1 2 3 4 5 ];
  11. y1 = [0  9.34 -15.06 -4.08 -15.7];
  12. y2 = [0 16.23 -5.49 11.59  -2.72];

  14. t2 ={'R''','TS1''','I1''','TS2''','P'''};
  15. t1 ={'R','TS1','I1','TS2','P'};



  19. col ='r';
  20. flg_ud='up';
  21. hold on
  22. [h1]=fun_mm_plot_eng_prof(x,y1,t1,'k','dn')


  25. flg_ud='dn';
  26. [h1]=fun_mm_plot_eng_prof(x,y2,t2,'r','up')
  27. axis equal
  28. set(gca,'fontsize',20,'xtick',[],'ytick',[-20:10:20],'linewidth',2)
  29. axis([5 55 -25 25])


  32. ylabel('Free energy (Kcal/mol)')
  33. xlabel('Reaction coordinate')

  35. h=gcf;
  36. fig_na = '../file_imgs/fig_eng_pro';
  37. %fun_work_li_035_myfig_out(h,fig_na,3);



  41. %% logs
  42. % mod : 2020年 6月 8日 星期一 13时10分15秒 CST
复制代码


fun_mm_plot_eng_prof.m
  1. function [h]=fun_mm_plot_eng_prof(x,y1,t1,col,flg_ud)


  4. n_p = length(y1);
  5. x_thr= 2.6;

  7. for i = 1:n_p
  8.     plot([x(i)*10-x_thr, x(i)*10+x_thr],[y1(i), y1(i)],'-','linewidth',6,'color',col)
  9. end

  11. for i = 1:(n_p-1);
  12.     plot([x(i)*10+x_thr x(i+1)*10-x_thr],[y1(i) y1(i+1)],':','linewidth',2,'color',col)
  13. end


  16. for i = 1:n_p
  17.         if y1(i) > 0
  18.             mm_str{i} = {t1{i};['+',num2str(y1(i),'%6.2f')]};
  19.         elseif y1(i)<0
  20.             mm_str{i} = {t1{i};[num2str(y1(i),'%6.2f')]};
  21.         else
  22.             mm_str{i} = {t1{i};num2str(y1(i))};
  23.         end
  24. end

  26. if flg_ud=='up'
  27.     for i = 1:n_p
  28.         text(x(i)*10-x_thr+0.2,y1(i)+3,mm_str{i},'color',col,'fontsize',14)
  29.     end
  30. else
  31.     for i = 1:n_p
  32.         text(x(i)*10-x_thr+0.2,y1(i)-3,mm_str{i},'color',col,'fontsize',14)
  33.     end
  34. end

  36. h=gcf;
复制代码


作者: meatball1982    时间: 2020-6-8 13:43
python版本的，我控制不好，不过效果也 还不错。

  1. unzip PyEnergyDiagrams-master.zip
  2. cd PyEnergyDiagrams-master
  3. python setup.py install
复制代码


或是
  1. pip install git+https://github.com/giacomomarchioro/PyEnergyDiagrams
复制代码



  1. import sys
  2. from energydiagram import ED
  3. import matplotlib.pyplot as plt


  6. diagram = ED()

  8. diagram.add_level(0,'R(R\')')          #. 0
  9. #diagram.add_level(0.2,'R\'','last',color='r')          #. 0
  10. diagram.add_level(+9.34,'TS1')    #. 1
  11. diagram.add_level(+16.23,'TS1\'','last',color='r') #. 5
  12. diagram.add_level(-15.06,'I1')    #. 2
  13. diagram.add_level(-5.49,'I1\'','last',color='r')    #. 6
  14. diagram.add_level(-4.08,'IS2')    #. 3
  15. diagram.add_level(+11.59,'IS2\'','last',color='r')    #. 7
  16. diagram.add_level(-15.70,'P')     #. 4
  17. diagram.add_level(-2.72,'P\'','last',color='r')     #. 8


  20. diagram.add_link(0,1)
  21. diagram.add_link(0,2,color='r')
  22. diagram.add_link(1,3)
  23. diagram.add_link(2,4,color='r')

  25. diagram.add_link(3,5)
  26. diagram.add_link(4,6,color='r')
  27. diagram.add_link(5,7)
  28. diagram.add_link(6,8,color='r')

  30. diagram.plot(ylabel="Free energy ($Kcal$ $mol^{-1}$)")
复制代码



fig_python_eng_pro.png (15.92 KB, 下载次数: 2904)

fig_python_eng_pro.png

PyEnergyDiagrams-master.zip

82.22 KB, 下载次数: 0



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