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标题: 豆粑粑　vmd对齐两个分子 [打印本页]

作者: meatball1982 时间: 2018-5-18 19:30
标题: 豆粑粑　vmd对齐两个分子
本帖最后由 meatball1982 于 2018-5-18 20:58 编辑

有两个。一个pdb,一个xyz，拥有的原子个数不一样。但pdb的1-2867和xyz的2867是同类型的原子。
ref.pdb 2867+14
mod.xyz 2867+28000
我们现在想作的工作，是将xyz 的所有原子进行平衡和放置，依据的是xyz的1-2867和pdb的1-2867对齐。
采用的是vmd中的RMSD　Calculator(不是RMSD Trajectory Tool)
pdb 为ref.pdb
xyz为mod.xyz

mvd -m mod.xyz ref.pdb

复制代码

选择mod.xyz

将两个分子都load到vmd当中，
Extensions -> Analysis -> RMSD Calculator

左上角输入
index < 2867

右上角输入
selected

然后
align

这时，mod.xyz已经被对齐了

在File-> Save Coordinate

save data from: mod.xyz
select atoms: all

我参考的，是这个帖子。http://www.calgorithms.com/blog/ ... -structures-in-vmd/

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