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标题: 豆粑粑　gromacs 2018 ubuntu14.04(macOS) cmake 3.4.3 [打印本页]

作者: meatball1982 时间: 2018-1-15 16:16
标题: 豆粑粑　gromacs 2018 ubuntu14.04(macOS) cmake 3.4.3
本帖最后由 meatball1982 于 2018-12-26 09:27 编辑

gromacs2018 出了一阵子了。尝试安装一下。
下次直接copy就行了。

cmake比较老，要安装3.4.3ref:
https://www.claudiokuenzler.com/ ... atives#.WlxYGXWWbRY

wget http://www.cmake.org/files/v3.4/cmake-3.4.3.tar.gz
tar -xvzf cmake-3.4.3.tar.gz
cd cmake-3.4.3/
./configure
make
sudo make install
sudo update-alternatives --install /usr/bin/cmake cmake /usr/local/bin/cmake 1 --force

复制代码

[size=10.6667px]这看看是不是安装完成了。

cmake --version

复制代码

[size=10.6667px]然后，是安装gromacs,我的cuda是9.0.基本是默认的路径。
[size=10.6667px]

tar xfz gromacs-2018.tar.gz
cd gromacs-2018
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=on
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

复制代码

~/.bashrc里加下面的这一堆。再source ~/.bashrc一下。

#### gromacs ########
GMXHOME=/usr/local/gromacs
export PATH="${GMXHOME}/bin:$PATH"
source ${GMXHOME}/bin/GMXRC.bash

复制代码

作者: meatball1982 时间: 2018-12-26 09:25
mac 下，安装过程基本一致。注意的是，
source ~/.bashrc
换成
source ~/.bash_profile

并且， DGMX_GPU一项，不是on了，
因为我的 macbook pro 是A卡。没有cuda.

作者: meatball1982 时间: 2024-3-19 17:02
本帖最后由 meatball1982 于 2024-3-19 21:33 编辑

安装新的cmake

这是安装gcc
https://r1v3rj1s.github.io/2019/ ... rivilege-in-CentOS/

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