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标题: 豆粑粑 ubuntu 16.04 安装gromacs-5.0.6 fftw [打印本页]

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作者: meatball1982    时间: 2016-8-16 20:17
标题: 豆粑粑 ubuntu 16.04 安装gromacs-5.0.6 fftw


人官网下载gromacs-5.0.6的压缩包。

解压，
里面有个INSTALL文件。告诉你应该如何安装。于是，我就是被这个文件勾引了。

有几个文件。现在是下载不了。至少在今天

2016年 08月 16日 星期二 20:03:51 CST

是下载不了的。

regressiontests-5.0.6.tar.gz

这是一个测试的文件。扔在baidu 网盘中。https://pan.baidu.com/s/1kUWY4oJ
65im


还需要fftw3
用sudo 安装

1. sudo apt-get install libfftw3-dev
   
2. sudo apt-get install fftw3
   
3. sudo apt-get install libfftw3

复制代码

这三个哪个好用。我不太知道。

1. tar xvf gromacs-5.0.6.tar.gz
   
2. cp regressiontests-5.0.6.tar.gz gromacs-5.0.6
   
3. cd gromacs-5.0.6
   
4. mkdir build
   
5. cp ../../sh_run.sh ./
   
6. ./sh_run.sh
   
7. make
   
8. make check
   
9. sudo make install
   

复制代码

sh_run.sh

1. cmake ..    -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DREGRESSIONTESTS_PATH=/home/mm/softs/gromacs/gromacs-5.0.6/regressiontests-5.0.6.tar.gz -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3

复制代码

/home/mm/softs/gromacs/
是存放文件的目录。

我的cuda是安装在/usr/local/cuda下。

1. vi ~/.bashrc
   
2. 
   
3. # gromacs
   
4. GMXHOME=/usr/local/gromacs
   
5. export PATH="${GMXHOME}/bin:$PATH"
   
6. source ${GMXHOME}/bin/GMXRC.bash
   

复制代码

这只是一个参考：

1. http://blog.csdn.net/u011622506/article/details/30460261

复制代码

这是另一个参考：

1. http://www.somewhereville.com/?p=2070

复制代码

这还是一个参考

1. http://www.steletch.org/spip.php?article89

复制代码

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