豆粑粑 Gromacs 2018.4 plumed 2.5 安装 儿子的papa
本帖最后由 meatball1982 于 2018-12-25 22:30 编辑更新在2L
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mm/softs/gromacs/gromacs-5.0.4 -DGMX_GPU=ON-DCMAKE_PREFIX_PATH=/home/mm/softs/fft3/fftw-3.3.4/build -DCMAKE_LIBRARY_PATH=/home/mm/softs/fft3/fftw-3.3.4/build/lib -DCMAKE_INCLUDE_PATH=/home/mm/softs/fft/fftw-3.3.4/build/include
在安装完plumed 后，
patch --enable-shared
本帖最后由 meatball1982 于 2018-12-26 11:49 编辑
花了整天的时间，把
plumed multiwalk 的环境给搭起来了。唉，这个好啊。当晚上10点多，运行没错误时，真是相当的舒服的。
赶快记一下。
主要是这个帖子。并在此基础上作了些修改。
https://sajeewasp.com/gromacs-plumed-gpu-linux/
我是plumed 2.5
gromacs 2018.4
nvidia和cuda部分能找到一堆，
plumed
注意，是mpicc,mpicxx，而不是gcc或是....
tar -xvzf plumed-2.4.0.tgz
cd plumed-2.4.0
sudo ./configure CPPFLAGS=-I/usr/include CC=mpicc CXX=mpicxx
make -j 4
sudo make install
gromacs
tar -xvzf gromacs-5.1.4.tar.gz
cd gromacs-5.1.4
plumed patch -p --runtime -e gromacs-5.1.4
mkdir build
cd build
我修改的是
plumed patch -p --runtime -e gromacs-2018.4
cmake 部分真是让我想kill myself的冲动。
CC=mpicc CXX=mpiCC \
cmake .. -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON \
-<font color="#ff0000">DGMX_MPI=ON</font> \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
-DGMX_GPU=on \
-DNVML_INCLUDE_DIR=/usr/local/cuda-9.2/include \
-DNVML_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvidia-ml.so
make -j 4
sudo make install
剩下的，就是跑plumed的例子了。
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 2 -s topol -plumed plumed -multi 2 -replex 2000 -pin off
又注意:~/.bashrc里得有这玩艺儿,mpirun用的应该是。
57 ### mpi###################################################
158 export PATH=/home/mm/softs/mpich-install/bin:$PATH
159 export LD_LIBRARY_PATH=/home/mm/softs/mpich-install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
mpich的安装
https://blog.csdn.net/qq_39451578/article/details/107938560 plumend 在configure
--prefix=PREFIX
--prefix=/home/mm/softs/plumed
将plumed安装在自定义的目录中，不用sudo或root就行
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