豆粑粑 matlab不同的方式画分子的表面。
本帖最后由 meatball1982 于 2019-3-16 15:04 编辑是让孩子们作的，我给整一下先。
这两天写本子，画几个小图，放松一下。
你的有一个分子。
我是从pdb 里把位置给提出来。
设置一个球，以原子位置为球心，放球。
在空间中有很多的点。
通过boundary(真是个好函数，比较新的版本才有）。实现2D和3D边界的显示。
clear all
clc
clf
dat=load('../file_data/pos_ala.txt');
x=dat(:,1);
y=dat(:,2);
z=dat(:,3);
=sphere(50);
r=2.2;
n_p=length(x);
x_all=[];
y_all=[];
z_all=[];
for i =1:n_p
% rat = 1+0.03*i;
rat = 1;
sx_new=rat*r.*sx;
sy_new=rat*r.*sy;
sz_new=rat*r.*sz;
x_all=;
y_all=;
z_all=;
end
%
axis equal
subplot(2,2,1)
plot3(x_all,y_all,z_all,'.','markersize',3);
view(90,17.6)
axis off
axis tight
subplot(2,2,2)
=boundary(,0.8);
trisurf(k_all3,x_all,y_all,z_all,'facecolor','red','facealpha',0.2,'edgecolor','y','edgealpha',0.2)
view(90,17.6)
axis off
axis tight
subplot(2,2,3)
lin = linspace(-4,4,8);
lin =[-3 -2.5 -2 -1.5 -1 -0.5 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ]
n_l =length(lin)
col_mm = jet(n_l);
hold on
for i = 1:n_l
lb = lin(i)-0.2;
ub = lin(i)+0.2;
ind = z_all > lb & z_all < ub;
tm_x = x_all(ind);
tm_y = y_all(ind);
k_all=boundary(,0.99-0.02*i);
plot3(tm_x(k_all),tm_y(k_all),lin(i)*ones(size(k_all)),'-','linewidth',1+0.3*i,'color',col_mm(i,:))
end
view(90,17.6)
axis equal
axis off
axis tight
subplot(2,2,4)
lin = linspace(-4,4,8);
lin =[-3 -2.5 -2 -1.5 -1 -0.5 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ]
n_l =length(lin)
col_mm = jet(n_l);
hold on
for i = 1:n_l
lb = lin(i)-0.2;
ub = lin(i)+0.2;
ind = z_all > lb & z_all < ub;
tm_x = x_all(ind);
tm_y = y_all(ind);
k_all=boundary(,0.99-0.02*i);
h=patch(tm_x(k_all),tm_y(k_all),lin(i)*ones(size(k_all)),col_mm(i,:),'edgecolor','none')
alpha(h,0.8-0.02*i);
end
view(90,17.6)
axis equal
axis off
axis tight
h=gcf;
fi_na = '../file_imgs/fig_cont_ala_4sub';
fun_work_li_035_myfig_out(h,fi_na,3)
思路是通过每个原子的vdw半径向外进行扩展，在球面，生成均匀颁的散点。
对于不同半径的球面，分别生成散点。
其中，第i个原子的球面的散点要满足距离atom_i 相比于距离atom_j要近。否则，放弃散点。
球面上生成均匀散点是根据文献实现。
E. B. Saff and A. B. J. Kuijlaars, "Distributing Many Points on a Sphere", The Mathematical Intelligencer, 19, 5-11 (1997)
生成网格点是根据tinker中potential.f中的子函数
potgrid
实现。
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