豆粑粑 vmd对齐两个分子
本帖最后由 meatball1982 于 2018-5-18 20:58 编辑有两个。一个pdb,一个xyz，拥有的原子个数不一样。但pdb的1-2867和xyz的2867是同类型的原子。
ref.pdb 2867+14
mod.xyz 2867+28000
我们现在想作的工作，是将xyz 的所有原子进行平衡和放置，依据的是xyz的1-2867和pdb的1-2867对齐。
采用的是vmd中的RMSD Calculator(不是RMSD Trajectory Tool)
pdb 为ref.pdb
xyz为mod.xyz
mvd -m mod.xyz ref.pdb
选择mod.xyz
将两个分子都load到vmd当中，
Extensions -> Analysis -> RMSD Calculator
左上角输入
index < 2867
右上角输入
selected
然后
align
这时，mod.xyz已经被对齐了
在File-> Save Coordinate
save data from: mod.xyz
select atoms: all
我参考的，是这个帖子。http://www.calgorithms.com/blog/2014/06/12/how-to-easily-align-two-molecular-structures-in-vmd/
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