gromacs implict solvent tutorial 隐性水溶液 md 例子
本帖最后由 meatball1982 于 2016-2-24 15:21 编辑要看一个结构在隐性的水溶液中是否稳定.
在真空中不稳定,
在水中稳定.
pdb2gmx-f a.pdb -ff charmm27 -water none -ignh
editconf -f conf.gro -d2 -bt cubic -c -o conf_box.gro
grompp -f em.mdp -c conf_box.gro -o em.tpr
mdrun -deffnm em -v
grompp -f md.mdp -c em.gro -o md.tpr
mdrun -deffnm md -v
注意:
grompp -f em.mdp -c conf_box.gro -o tm.tpr
这一步最小化虽然不是必需,但最好还是作一下.有些大的结构中的部分H健并不合理.最好em一下.
需要的文件,都放在附件中.
我的gromacs VERSION 5.0.4
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