meatball1982 发表于 2016-7-19 20:58:16

豆粑粑　NAMD 安装　CUDA版本

要用namd跑一个乱七八糟的东西。觉得有点慢，于是放着已经编译好的版本不用，非要自己整一个GPU版本的，折腾了整整一个晚上，CPU版本的好用，GPU的就是不行。
于是，第二天求助XP.又是一晚上，还好，似乎是搞定了，记录一下。

cuda 6.5
gpu是 2075
驱动是361.**

在namd的安装的source文件当中，那个notes.txt 已经说的很清楚了（但我还是没一次成功）

注意：整个过程都是在CPU的节点上进行的。
解压，注意，文档中是xzf,我这是xf，
tar xf NAMD_2.11_Source.tar.gz
cd NAMD_2.11_Source
tar xf charm-6.7.1.tar

整个charm++
这个

   cd charm-6.7.1
./build charm++ multicore-linux64 --with-production
cd multicore-linux64/tests/charm++/megatest
make pgm
./pgm +p4
cd ../../../../..


安装一些看似没用的库之类的东西

   wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-x86_64.tar.gz
tar xf fftw-linux-x86_64.tar.gz
mv linux-x86_64 fftw
wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
tar xf tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
tar xf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
mv tcl8.5.9-linux-x86_64 tcl
mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threaded
注意，文档中的tar xzf我都变成tar xf

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
这一部分不太好下载，可以自己在网页中下载再上传到服务器上。


然后是整cuda,
./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64 --with-cuda --cuda-prefix /opt/cuda-6.5
就是这一步。--with-cuda不一定可行，因为你的cuda安装在哪，linux有可能根本就不知道。于是加上后面的
--cuda-prefix ，指定　cuda的安装目录。


   cd Linux-x86_64-g++
make然后，就是漫长的等待。

如果没报错，谢天谢地啊。

   ./namd2
./namd2 +p4 +devices 0 src/alanin


就可以测试好用不好用了。注意，这一步，是要在gpu节点上实现的。
别，
src/alanin
中的迭代次数太少了，只有９,我把它修改成了90000，让它一直在跑，然后　，通过　
nvidia-smi
来看gpu是否使用以及使用的情况。

对了，安装过后，要把路径放在
~/.bashrc
export NAMD_HOME=/home/zhubajie/software/NAMD_CVS-2016-06-06_Source/Linux-x86_64-g++

export PATH="${NAMD_HOME}:$PATH"

当中，source ~/.bashrc
一下，妥妥的。


注意，当编译过程当中，有关于.h的问题，很可能是指定的位置不对，或是版本的问题（我就是死在这里的。），因为*.h大家基本都有。
如果是库的问题，那就是指定的位置不对了。


最后，感谢XP一整晚的时间，虽然花掉了我６个冰激凌。







meatball1982 发表于 2018-12-27 19:57:47

本帖最后由 meatball1982 于 2018-12-27 20:58 编辑

进到Linux-x86_64_g++

修改配置文件，加入CHARM的绝对路径
vi Make.config
在里面找到：

CHARM = $(CHARMBASE)/$(CHARMARCH)
把=后面的部分改成绝对路径，如
/home/xxxxxxxxxxxxxxxx/NAMD_Git-2018-08-23_Source/charm-6.8.2

sudo apt-get installsfftw-dev sfftw2 fftw3 fftw3-dev
不用之前的fftw安装方式。

meatball1982 发表于 2018-12-28 09:17:56

本帖最后由 meatball1982 于 2018-12-28 09:51 编辑

NM，一整天，终于，finally,把cuda版本的namd2安装完了，
nvidia的driver，一定要用sudo apt-get install 安装最新的那个，要不cuda会报错说runtime 和driver不一致。
另外，他会自动的生成一个对应的kernal，要不，重启之后就黑屏。
虽然，apt-get 安装有点慢。

如果非要自己安装，
telinit 3
是进入到没有X的界面。ubuntu 18.10
之前都是
sudo service lightdm stop


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